取引終了して、商品を待っている状態で、相手方のアカウントが停止になり取引を停止してくださいと連絡がきました。ペイペイで払って終わってるのに、、、どうすればよいでしょうか？

まずは下記から事務局に連絡してみては
https://jmty.jp/inquiries/new

参考
https://faq.jmty.jp/振込・郵送・発送での対応を依頼された-63689ea309405a001d1f2154

https://faq.jmty.jp/取引した商品が届かない-63689ea309405a001d1f2157