メッセージ送った時は2000円でその後やり取りしてたら急に5000円の設定にされててそれを指摘したら「欲しい方いっぱいだったから値上げした.5000円は無理？」と理解不能なことを言われました
この場合私はどちらの金額で購入になるのでしょうか？

５０００円で買うか、買わないかのどちらかです

残念ながら、２０００円で買う選択肢は現状ないかと思います

ただ、出品者に２０００円を主張して取引するよう交渉するのは自由ですので、
そう言ってみては。
（それでブロックされたり、断られたらそこで終わりにはなってしまいますが・・・

人気のあるものだと出品者が値上げすることがあり、話がコロコロ変わることがあります

あとは、そういう自分基準で信用ならない相手からは買わないように自衛するとか、
ダメ元で運営に相談するとかでしょうか・・・
（運営は、取引の仲介はしないポリシーなので、何もしてくれない可能性が高いとは思いますが・・・