車両の売買を予定しています。
当方出品者です！

お互い信用のためにも手付金を入れてもらい、先に車両は引き渡そうと思っています。
※残額は後日受取予定

ジモティー規約の中に手付金を貰うことは禁止されてはいませんか？
教えてください。

禁止行為　その他当社が合理的な理由に基づき不適切と判断する行為

何が不適切と判断する行為に該当するかはわかりません。
運営会社に直接問い合わせてください。

手付金、という具体的なルールはありません。

ただ、関連するルールとして、投稿ガイドラインで下記ルールがあります。

https://jmty.jp/about/guide#gui4

4-6. 不適切な価格設定を行う行為
・投稿の価格に加えて輸送料や手数料などの名目で、社会通念上不適切な金額を求める行為

手付金が上記に該当するかどうかは、事務局に直接相談することをおすすめします。