配送での取引の流れを詳しく知りたいです。もし、配送をしたのに相手が「届いてない、受け取ってない、なんも入ってない」と言ってくる場合はどうすればいいですか？

基本的な流れは下記を見てください

あんしん決済機能の取引の流れ
https://jmty.jp/about/ec_flow

◆届いてない・受け取ってないと言ってきた
→追跡可能な方法で配送をすれば、到着したことが客観的に判断でき、事務局が入金してくれるのでOK

◆何も入っていないと言ってきた
→梱包時から伝票書いて発送するまでの一連の流れを編集なしで動画撮影しておき、事務局に見せる、とかでしょうか・・・あまり現実的ではありませんが。

ジモティは個人間取引なので、客観的に判断できないものは自己責任になります。
そのレベルの悪意を持ったユーザーを防ぐには、発送取引自体を回避し、直接取引だけに限定するしかないと思います。