法人認証にて、法人番号指定通知書をネットでダウンロードしても、認証されないのは何故でしょうか？

以下のにんしょうできない条件を確認してください

https://jmty.jp/s/id_card_authentications_for_business

どれかに該当しているはずです。

ネットからダウンロードしたものだと原本じゃないとみなされている可能性が高いのでは、と思います

事務局に直接聞くのが1番早いので、
グーグルで「ジモティ 問い合わせ」と検索して直接聞いてみてください

下記のNG条件のどれかに該当しているのだと思います

推測ですが、
ネットでダウンロードしたものだと、
複製と思われて原本ではないと見なされているか、
税務署の受付印がない、とか、
そのあたりではないでしょうか。

以下の場合、身分証による認証をお受けできません
✕ 原本以外の書類（複製された書類では認証できません）
✕ 光の反射はブレなどで不鮮明な画像
✕ 税務署受付印が捺印されていない書類

https://jmty.jp/s/id_card_authentications_for_business