あんしん決済についての質問です。
もともと、直接のお取引の想定で金額を付けていたものを購入者様の希望で【ネット決済】に変更した場合に配送料や各手数料を購入者様に負担して頂くことは可能でしょうか？　

方法の選択肢としては…
商品金額の変更(配送料と各手数料を含めた金額)でしょうか？
こちらの方法以外に、配送料については、着払いで解決すると思うのですが、その他の手数料はどのようにしたら良いのかわかりません。このような場合、5％の手数料の算出なども複雑となるように思います。
(あんしん決済未経験のため申請方法の詳細が理解出来ていません)

やはり、【ネット決済】を承諾する段階で出品者側は配送料と各手数料は自分もちという認識が1番スムーズでしょうか？
今回のように、途中で【ネット決済】にしようとする場合の最適方法をお教え頂きたいと思います。

事務局に聞いてみました
違反じゃないけど相談して決めてね、だそうです

以下は公式の回答です。
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ネット決済に変更される場合に、手数料等を考慮して価格変更を行われることは違反行為には該当いたしません。
そのため、商品本体の価格や配送料の変更を行われる際はユーザー様同士で直接ご相談のうえ、価格欄をご修正いただきたく存じます。

なお、ネット決済機能では決済完了後に追加でお支払いいただく機能はございませんので、
追加で料金をご請求される場合には、ユーザー様同士で決済方法についてお話し合いしていただきますようお願い申し上げます。

販売手数料に関しては、実店舗でカード決済したときに、手数料を上乗せするケースは少ないと思われますので、そのあたりを参考に決められたらと思います。
振込手数料と事務手数料は、1回の出品に対してではなく、1回の振込申請に対してかかる手数料なので、購入者にお願いするのは筋が違うように思いますが、入金が減らないのが最適であるというお考えなら、金額の上乗せを丁寧にお願いするしかないでしょう。
配送料を購入者にお願いすることは問題ないかと思います。

振込申請可能な最低金額は設定されていますので、その点はご注意ください。
https://jmty.jp/info/faq/6229590694c6e5065b92f6d7/62297d13fb859a79623393e6