取引場所1,2の両方を入力すると商品説明画面では両方の情報が入り組んだ状態になりますが、解決する方法はあるでしょうか？
「県」だけの入力なら多少スッキリしますが、当然「市」での検索に引っかかりません。
「市」まで入れるとなじみのない人はわかりにくい状態です。
アドバイスを！

現状２つ指定すると表示がみにくくなるのはジモティー側の仕組みがそうなっているのであきらめてください。
（検索時に使われる部分が大きいですし、
実際の取引場所と一致しないことが多い印象があるので、
見る人もあまり当てにしないでしょうし、
個人的には、ｌそこまで気にしなくてよいと思います）

取引場所をどう設定するか、ですが、
どういう範囲で募集をかけたいかによる、と思います。

市まで入れるとなじみのない人にはわかりにくい、とのことですが、
地元の近所限定で手渡しの取引をしたいなら、
市レベルの詳しい場所が書いてあるほうがわかりやすいと思います

ネット決済・発送も可能で、他県からもみてもらいたいなら、県だけを入れる。

など。