初心者です。教えてください。
クレジットカード決済で購入後、出品者から現金手渡しで取引したいということで、そのまま取引しました。現在は取引終了となっています。
後日、ネットでクレジットカードの利用状況を見ると、ジモティ宛にそのまま金額が支払われて反映されていましたが、これは何かしらキャンセル等の手続きが必要なのですか？

キャンセル申請はされてましたでしょうか？
出品者からされてないのなら重複する可能性があります。
されているのでしたら、決算日までに返金手続きが間に合わず表示されている事になります。

決済前ならともかく、カード決済が完了しているのに、現金手渡しの取引をするなんてことは
考えられませんね。
そのような取引は間違いです。

このことで、出品者からカード決済キャンセルのお詫びと返金の説明があるはずです。
こちらから切り出さなくてもです。

お互いの評価は終わっていますか？
現金支払いの時に領収書はもらわれましたか？
これは運営に通報したほうがいいかもしれませんね。