出品者からの質問です。あんしん決済を利用する場合、代金5,000円＋送料1,000円の場合、送料私負担で代金6,000円＋送料0円の取引と送料買主負担で5,000円で売買するのとでは、私が引かれるジモティの手数料は変わるのでしょうか？

売上金の振り込み手数料については、安心決済するときには全く説明がなく、ただ5%の決済手数料とだけかかれています。
実際は1000円くらいの物を売った場合、売上の半分以上が売上金を受け取るだけでかかります。
しかも、売上金の使い道は銀行振込しかないらしく、強制的に発生する手数料です。
詐欺ですよ。

よくあるお問い合わせ https://jmty.jp/about/faq ネット決済なついてより

● ネット決済機能に手数料はかかりますか？

ネット決済機能では、決済時の合計金額の5%をジモティーが販売手数料としていただきます。
※決済時の合計金額は、売買カテゴリの場合は商品価格+配送料、中古車カテゴリの場合商品価格+諸費用+配送料となります。

コンビニ決済の場合上記から追加で100円が手数料として発生いたします。

また、売上金振り込みの際には別途手数料（振込手数料250円、1万円以下の売上金振り込みの際には事務手数料250円）が発生いたします。

とあります。
なので、総額が変わらない場合は手数料は同じです。
配送料を購入者負担にすれば、手数料の負担は配送料込みより軽くなりますね。

代金5,000円＋送料1,000円　手数料300円
代金6,000円＋送料0円　　　 手数料300円
代金5,000円 手数料250円
プラス振込手数料250円、1万円以下であればプラス250円

ここからは月1000円の売り上げの場合の推理です。
代金1000円　手数料　50円　振込手数料　250円　事務手数料250円　残り450円
ジモティーさんがクレジット代行会社に支払うのが約36円、銀行に支払うのが約160円、事務員(人件費は高いと推理)約350円で合計546円なので、ジモティーさんがもらうのは4円