私はジモティー初心者の出品者ですが設定価格よりも値上げした取引をしたいと問い合わせが来ました。この取引に応じるとルール違反となるのでしょうか。教えてください。

この質問に関連するとおもわれる投稿ガイドラインは
https://jmty.co.jp/guide/#gui4

4. 他のご利用者様のご利用・閲覧の妨げになる行為はお控えください
4-6. 不適切な価格設定を行う行為
・投稿説明ややり取りなかで、表示価格より高い金額で取引を行う旨を記載する行為
・投稿の価格に加えて輸送料や手数料などの名目で、社会通念上不適切な金額を求める行為
・単品での譲渡が不可の掲載を投稿する行為
・オークション形式で出品する行為
・実際の取引価格と異なる価格を金額欄に記載する行為
・掲載後に価格を値上げする行為

普通に解釈すると、いずれも投稿のさいの禁止行為と思います。

質問者（取引相手）から＜設定価格よりも値上げした取引をしたい＞
と持ちかけられた場合は当てはまらないと思います。
取引に応じられてもルール違反にならないとおもいますよ。

ただし、私の解釈と運営の考えは違うかもしれません。