出品物に対して問い合わせが2件届いたのですが、届いてから1時間後に確認したにも関わらずどちらも立て続けに「このメッセージは削除されました」となっており閲覧できませんでした。たまたまでしょうか？出品物に問題があるのでしょうか？

たまたまだと思います。

間違えて問い合わせをしてしまったか、その1時間の間に思い直して取り下げたか。
そのどちらかだと思います。

深く気にせず忘れてよいと思います。

＞終了分は問い合わせも出来ません

新規では出来ないという意味です

既存のメッセージを行なっている方は継続できます
（内容を消去するかたも中にはおります）

投稿中が見当たりませんが

問い合わせ者が自分で消せるシステムです

障害でなければたまたまかもしれませんし
終了分は問い合わせも出来ません

その投稿物は見覚えがあり、終了しているのでれば
気になさらなくていいのではないでしょうか

出品に問題があればジモティーが投稿にを削除してメールで連絡が来ます。
メッセージが消されたのは、応募者が興味なくなったとかでしょう。